Murguía, aquel «viejecito limpio, callado y escrupuloso», en palabras de Azorín, pasou a súa ancianidade mendigando unha pensión que non lle acababan de dar, e só uns poucos días antes de morrer, na súa casa da coruñesa rúa de santo Agostiño, recibía a nova de que lla ía outorgar o Centro Galego de Bos Aires.
Talvez, a súa maior preocupación era deixar á súa filla Alexandra desprotexida e vivindo a expensas das súas irmás, casadas e ben situadas, mentres que ela, segundo se asegura, renunciou a casar para atender a seu pai. Ela era quen o acompañaba e coidaba. De feito, moitos dos debuxos daqueles monumentos sobre os que escribía o Patriarca levan a sinatura da súa filla, e en La ilustración gallega y asturiana da que el foi director, hai moitos debuxos asinados por A. M.
O Patriarca acamara, por algunha doenza propia do inverno e da idade, a mediados de xaneiro, e xa non se volveu erguer. Aínda así, Murguía pasara ese mes traballando nun estudo sobre o mosteiro de Herbón e uns días despois do seu pasamento tamén saíu publicado no xornal de Viana do Castelo, Aurora do Lima, o seu último artigo.
Finou, segundo rezan nas necrolóxicas, na madrugada do día 2, e dende que se soubo a triste nova os telegramas de pésame chegaron tanto á súa casa como á sede da Academia, ó concello e ós máis achegados amigos, como ó seu íntimo Martínez Salazar, editor de Los Precursores, quen pouco menos dun ano antes exercera de padriño na voda da filla do seu amigo, dona Gala, no santuario de Pastoriza, onde o Patriarca se bautizara 89 anos antes; e ese día, por mor dun pé lesionado, tivo que entrar na igrexa en brazos dun dos invitados, o que lle valeu para lembrar que as dúas únicas veces que visitou ese templo tivera que facelo no colo dalguén.
Nos últimos días, aínda na cama, seguía atendendo ós seus escritos, pero tamén, como se ventase a morte, dedicouse a poñer orde nos seus papeis e, sobre todo, a romper moitas das cartas que cruzara coa súa esposa e xulgaba que non deberían saír á luz pública.
O seu cadáver, cuberto coa bandeira de Galicia, foi velado no concello coruñés, onde tanto os membros da Academia como os Amigos da Fala o acompañaron remudándose cada media hora, mentres o pobo coruñés pasaba a despedilo. E cando o día 3, saíu o acompañamento cara o cemiterio, os comercios pecharon e eran moitos os balcóns que amosaban crespóns negros ó paso do cadaleito.
A empresa cinematográfica Celta Film que nesas datas andaba rodando unha serie de planos e escenas da sociedade galega para proxectar entre os emigrados en distintas capitais de América, tamén gravou o paso do cortexo fúnebre, e xa no cemiterio Peña Novo pronunciou un discurso de loanza e o coro Cántigas da Terra entoou o Himno galego.
É de resaltar entre as múltiples notas de aprecio que en tal hora recibiu o patriarca, a coroa de flores con un lazo azul e branco onde se especificaba en letras de prata: «La parroquia de Oseiro a su Ilustre hijo Manuel Murguía».
O concello correu cos gastos do enterro e outorgoulle á súa filla Alexandra, a única solteira, unha pensión de mil pesetas anuais.