Fue en un partido contra el Mallorca en la primera de sus diez temporadas en Vigo
13 jun 2017 . Actualizado a las 05:00 h.1999: Casi un año después de su llegada a Vigo, José Manuel Pinto debutaba con el Celta en al jornada 37 de la temporada 1998/1999, en la que había sido hasta ese momento el suplente de Richard Dutruel. Fue en un choque a domicilio frente al Mallorca en el que los de Víctor Fernández cayeron por 2-0. Pese a perder también la semana siguiente, en Balaídos frente al Atlético, el equipo concluyó la liga en la quinta plaza.
En su debut, Pinto compartió once con Míchel Salgado, Djorovic, Josema, Óscar Vales, Tomás, Makelele, Karpin, Revivo, Penev y Juan Sánchez, mientras que Bruno Caires, Jordi Cruyff y Gudelj salieron en el segundo tiempo. Enfrente estaba el Mallorca de Héctor Cúper, que ese año fue tercero. Marcaron Ibagaza y Stankovic.
Pinto militó en el equipo durante diez temporadas en la que, aun con etapas de suplencia, llegó a alcanzar la cifra de 226 encuentros, ejerciendo también como capitán del equipo los últimos tres años. Su etapa celeste terminó cuando puso rumbo en el 2008 a Barcelona, donde se retiraría en el año 2014. Su último partido como céltico fue frente al Cádiz el 16 de diciembre del 2007.