Ángel María Villar ha protagonizado numerosas polémicas en su largo reinado . No dudó en vestirse una camiseta del Real Madrid y posar de merengue durante la cena de cumpleaños de Enrique Cerezo, el presidente del Atlético. Los barcelonistas montaron en cólera. Aunque Villar ya era la diana de los madridistas por el apoyo que había recibido de Joan Gaspart en anteriores procesos electorales.
A pesar de sus contactos con las altas instancias del fútbol continental, vio cómo fracasaba la candidatura de España para la Eurocopa 2004, un empeño personal. Quizás fue por exceso de confianza, dijeron entonces sus allegados.
Tampoco supo gestionar las crisis de la selección. Destacó su tormentosa relación con Luis Aragonés en la última etapa del técnico al frente de la selección española. Y permitió que el combinado disputara un amistoso frente a Argentina en un terreno de juego impracticable, como lo era el de la Nueva Condomina, en Murcia, en el que se lesionó de gravedad Maxi Rodríguez.
Apoyo a Samaranch
Hasta se ha erigido en paladín de causas ajenas con olor a corrupción. Como cuando decidió reunirse personalmente con Juan Antonio Samaranch para mostrarle su apoyo después de las acusaciones de sobornos que salpicaron a varios miembros del Comité Olímpico Internacional durante el proceso de selección de Salt Lake City como sede de los Juegos de Invierno del 2002.